在起初，朱由檢還是比較贊同兵部制度，畢竟穩(wěn)定運行了這么久，而且和現(xiàn)代文明制度最為接近，應該是最好的。

在朱由檢看來，只要將五軍都督府下放到地方，重新發(fā)揮作用，形成類似戰(zhàn)區(qū)的機構，而不是放在中央荒廢，那么明朝的軍事很快就會起來。

當初朱元璋將五軍都督府放在京師，只是為了削弱武將的權力，而這種做法，在朱由檢看來，太過于小心。今后，明軍注定將是一支火器化的軍隊，后勤裝備復雜，只要這塊控制好，隱患雖然有，但相比五軍都督府下放的好處，不值一提。