永樂二年，北平郡學(xué)復(fù)稱國子監(jiān)。永樂十八年，明遷都北京，改北京國子監(jiān)為京師國子監(jiān)，于是明代國學(xué)有南北兩監(jiān)之分（亦稱南北兩雍）。

永樂二十年，南京國子監(jiān)達(dá)9900多人，盛況空前。當(dāng)時(shí)鄰邦高麗、日本、琉球、暹羅等國“向慕文教”，不斷派留學(xué)生到南京國子監(jiān)學(xué)習(xí)。

可以說，南京國子監(jiān)可以說是讀書人的圣地。

不過隨著武宗改革，傳統(tǒng)儒學(xué)受到了一些影響，很多非科舉出身的人都進(jìn)入了大明的官場，有些人也隨著大明對(duì)外戰(zhàn)事而棄文從武，因此此時(shí)的南京國子監(jiān)不過只有兩千余人，這也是為什么帝師孫茂敢在南京開書院的原因，畢竟國子監(jiān)人少可是十分罕見的。