到了元代，白蓮教的組織和教義都起了變化，戒律松懈，宗派林立。一部分教派崇奉彌勒佛，宣揚“彌勒下生”這一本屬彌勒凈土法門的宗教讖言。有的教徒夜聚明散，集眾滋事，間或武裝反抗元廷統(tǒng)治。至大元年(1308)，朝廷忌白蓮教勢力過大，下令禁止。仁宗即位(1311)后，曾恢復合法地位。但十年后英宗即位，活動又遭限制。因此，許多地方的白蓮教組織對官府抱敵對態(tài)度。加之其信徒以下層群眾居多，故當元末社會矛盾激化時，一些白蓮教組織成為率先反元的力量。紅巾起義領導人韓山童、劉福通、徐壽輝、鄒普勝等都是白蓮教徒，他們以明王(即阿彌陀佛)出世和彌勒下生的讖言鼓動群眾，產生很大影響。