太元二年朱序擔(dān)任南中郎將、梁州刺史等職，鎮(zhèn)守襄陽(yáng)。

太元三年前秦攻打襄陽(yáng)，朱序率軍固守。

太元四年前秦攻克襄陽(yáng)，朱序詐降，苻堅(jiān)以為度支尚書(shū)。

太元八年淝水之戰(zhàn)中，朱序暗助晉軍，大敗前秦，投歸東晉，歷任龍?bào)J將軍、瑯邪內(nèi)史、豫州刺史等，屯兵洛陽(yáng)。

太元十一年，朱序派兵討伐叛晉的丁零首領(lǐng)翟遼，歷任兗青二州刺史、都督司雍梁秦四州軍事、雍州刺史等。