當(dāng)時的西域都護(hù)府的轄境包括自玉門關(guān)、陽關(guān)以西的天山南北，直到如今的巴爾喀什湖、費(fèi)爾干納盆地和帕米爾高原以內(nèi)的范圍，初期有三十六國，以后增加到大約五十國，治所設(shè)在烏壘城。

西域都護(hù)府既是漢朝的軍事駐防區(qū)，也是一個特殊的行政區(qū)。一方面它與內(nèi)地的正式政區(qū)不同，不設(shè)置郡、縣，依然保留原來的國，漢朝一般不干預(yù)它們的內(nèi)部事務(wù)，但掌握它們的兵力和人口等基本狀況；另一方面，都護(hù)代表朝廷掌管這些國家的外交和軍事權(quán)，可以調(diào)動它們的軍隊，決定它們的對外政策，必要時還可直接廢立他們的君主，甚至取消某一個屬國。正因為如此，西域都護(hù)府也是漢朝疆域的一部分。