在北疆即將展開(kāi)決定性的一戰(zhàn)的時(shí)候，經(jīng)過(guò)三個(gè)多月的維修和重建，南京紫禁城內(nèi)的乾清宮、坤寧宮、大善殿、東五所等建筑終于勉強(qiáng)可以住人了，所以，1644年八月十八日，朱由崧派人將鄒太后、黃皇后及仲氏四妃、嫡長(zhǎng)子朱慈焈、安平公主朱淑娟、安康公主朱淑芬等人從淮安接到了南京。

稍后，朱由崧奉鄒太后暫時(shí)入住坤寧宮，黃皇后與自己入住乾清宮，仲氏四妃和兩位公主暫時(shí)入住東五所，嫡長(zhǎng)子朱慈焈入住九五飛龍殿，并以乾清門(mén)為正式朝會(huì)場(chǎng)所，大善殿為朱由崧日常辦公地址。