截止到清順治三年十二月初，清軍在山東的兵力一共有3.1萬余人，分別由山東、登萊總督石廷柱（8000）、懷順王耿繼茂（9000）、漢軍廂紅旗固山額真金礪（5000）、漢軍正黃旗及漢軍鑲黃旗固山額真馬光遠(yuǎn)（9000）統(tǒng)領(lǐng)。

其中石廷柱負(fù)責(zé)鎮(zhèn)壓濟(jì)南、青州兩府，耿繼茂部負(fù)責(zé)鎮(zhèn)壓萊州和登州兩府并堵防威海衛(wèi)的明軍，金礪負(fù)責(zé)對(duì)鰲山衛(wèi)的明軍實(shí)施盯防并協(xié)同石廷柱、耿繼茂兩部對(duì)青登萊三府南境的反清力量實(shí)施鎮(zhèn)壓；而馬光遠(yuǎn)部重點(diǎn)針對(duì)在兗州西部及北直隸南境、武定府南境活動(dòng)的榆園軍并其他一些反清武裝進(jìn)行清肅。