黑龍殿有三套機構(gòu)在運作，五級殿機構(gòu)，這是黑龍殿量基本的組成機構(gòu)，組成了黑龍殿遍及全國的龐大組織，這也是黑龍殿對面的機構(gòu)。

而在這之上，有著暗殿，主要負責(zé)一些不方便明面上的事務(wù)，并負有監(jiān)察黑龍殿的動作的職責(zé)，暗殿也是五級，處于五級殿之中，屬于五級殿人員，卻有著另一套獨立的運行體系。

而更神秘的就是秘使。

秘使不屬于黑龍殿任何一殿，也不屬于暗殿，他們只隸屬于一個人，那就是創(chuàng)立黑龍殿的黑龍尊者。