剛剛回到了京城，康熙爺就不顧眾人的反對，下了圣旨，在康熙五十九年（0）正月初五日，康熙帝決定安藏大兵再次入藏。

三十日，他命撫遠大將軍允率軍從西寧移駐穆魯烏蘇，管理進藏軍務糧餉，居中調度；授延信為平逆將軍，出青海向喀喇烏蘇進兵，為中路之師；授噶爾弼為定西將軍，會合云南都統(tǒng)武格所率部隊，從巴塘進發(fā)，為南路之師；又派將軍富寧安、傅爾丹，分別從巴里坤、阿爾泰出師，為北路配合出擊之師。鑒于第一次用兵失敗的教訓，清政府對第二次用兵西藏進行了周密的部署。