卡扎菲在戰(zhàn)后，拒絕承認哈夫塔爾和其他利比亞士兵被乍得方面監(jiān)禁，卡扎菲與哈夫塔爾關系由此惡化。

2011年初，利比亞內(nèi)戰(zhàn)爆發(fā)，哈夫塔爾從國外返回利比亞參與內(nèi)戰(zhàn)，并成為利比亞國家過渡委員會高級將領。

卡扎菲政權(quán)倒臺后，哈夫塔爾被推舉出任新政權(quán)武裝的總參謀長。

隨后，國民代表大會批準哈夫塔爾與多支世俗民兵武裝一同正式加入利比亞“國民軍”，哈夫塔爾任“國民軍”司令，與國民代表大會結(jié)盟，同利比亞民族團結(jié)政府長期割據(jù)對峙。