隆安三年（399年），距離淝水之戰(zhàn)16年后。孫恩和盧循在浙江會稽起兵反晉，東南的八個郡紛紛響應(yīng)，震驚朝野。

謝安死后十余年間，即東晉孝武帝與會稽王司馬道子主相相持以及太原王氏兩支分助主相的這一時期中，謝氏家族人物包括謝琰，均無所作為，這是謝氏家族在政治上受到壓抑的結(jié)果。

隆安元年（397年）王恭反于京口，朝廷始假琰節(jié)都督前鋒軍事，領(lǐng)兵征討。這顯然是由于陳郡謝氏門戶可以當(dāng)太原王氏門戶，而謝琰與北府又有歷史淵源，司馬道子欲加利用的緣故。王恭事平，謝琰于隆安三年遷衛(wèi)將軍、徐州刺史，假節(jié)。案晉制，假節(jié)雖有在軍事時期可殺犯軍令者之權(quán)，但謝琰為刺史假節(jié)而不得為都督，畢竟只是單車刺史，與都督徐兗諸州軍事的劉牢之相比，勢力大不相同。朝廷此授，不過是在王恭事平之后欲以謝琰平衡劉牢之而已。