當(dāng)時(shí)正在膨脹中的崇禎頗有些不喜，可他終究還是看中孫傳庭的才干。孫傳庭也不負(fù)所望，出任陜西巡撫，組建秦軍。然后，一舉干掉了當(dāng)時(shí)的闖王高迎祥。

崇禎九年，高迎祥、李自成攻廬州，取含山、和州，殺知州黎宏業(yè)、在籍御史馬如蛟等。繼圍滁州，與盧象升、祖寬、羅岱、楊世恩等部，激戰(zhàn)朱龍橋。高迎祥等北攻壽州不克，西入歸德。二月，攻密縣、破登州，擊殺明將湯九州，進(jìn)軍鄧州、鄖陽。三月，迎祥與自成分兵，由鄖襄入興安、漢中與獻(xiàn)忠會(huì)師。五月，迎祥復(fù)入湖廣。是年七月，迎祥出南山，揮師直驅(qū)西安，軍至周至黑水峪。