最終，在崇禎的命令下，鄭芝龍升任水師指揮同知，前往寧波幫助吳三桂構(gòu)建新式水師。

而他的海上貿(mào)易活動，崇禎也并未進行限制。

在韓羽的提議下，他的海上貿(mào)易在大明與西班牙，葡萄牙，荷蘭，日本等國完成貿(mào)易協(xié)商前，仍可按現(xiàn)如今的狀況繼續(xù)保持。

而在貿(mào)易協(xié)商完成以后，他的這種走私活動將被直接取締，進而轉(zhuǎn)化成為隸屬于大明船舶司的一部分，而他本人也將在船舶司中占股六成。