天啟二年，荷蘭人在占據(jù)澎湖島后，想要以澎湖島為荷蘭東印度公司的轉(zhuǎn)運樞紐，從而擴大在東亞的貿(mào)易活動范圍。

由于“澎湖為漳泉之門戶，而臺灣即澎湖之唇齒，失臺灣則唇亡而齒寒，不特澎湖可慮，漳泉亦可憂也”。

所以對于荷蘭人占領(lǐng)澎湖，明朝當(dāng)局自然不會聽之任之。

明廷下令福建巡撫南居益將荷蘭人趕出澎湖。

南居益招安當(dāng)時海上巨寇鄭芝龍來對付紅毛番，鄭芝龍此時因荷蘭人以澎湖為基地時，搶奪了懸有鄭芝龍令旗的二艘商船，接受明朝福建巡撫的招安，轉(zhuǎn)而攻擊荷蘭人。