上元縣縣衙原是元庭某位江南王爺王府的舊址，后損毀于明太祖朱元璋攻破集慶也就是南京的時(shí)候。

而在南京還是金陵時(shí)，上元縣縣衙，曾是五軍都督府的一部分，一直到燕王朱棣靖難之役，趕走了建文帝，自立為帝后。

擔(dān)心五軍都督府做大，裁撤了一部分，后又遷都北平時(shí)，更是將金陵改成了陪都南京，劃分應(yīng)天府上元縣和江寧縣后，這才將這地方歸屬給了上元縣，充當(dāng)縣衙。