第二次木津川口海戰(zhàn)后，毛利水軍退縮回了領(lǐng)地，宣布不再招惹熊野水賊眾，這個話其實就是說給本愿寺顯如聽的。正是因為反信長聯(lián)軍的互相防范和并沒有真心互助，導(dǎo)致信長自起兵以來就能完成各個擊破，瓦解了第一次信長包圍網(wǎng)，并重創(chuàng)了第二次信長包圍網(wǎng)。本愿寺顯如在得知毛利輝元不會再冒險援助他后，只能無奈的將所有副城和偏丸的軍隊調(diào)往本城，集合所有糧草，和織田軍決一死戰(zhàn)。到了天正二年夏季，佐久間信盛和明智光秀大軍連續(xù)擊敗五批試圖突圍的僧眾，再次將本愿寺城包圍得水泄不通。1574年（天正二年）8月，又堅守了數(shù)月的本愿寺城終于彈盡糧絕，眼見城中士卒戰(zhàn)意盡失之后，顯如和尚只好放下架子，遣使和“佛敵”織田信長和談，織田信長先處理了和泉國的一處叛亂，在顯如提出和議一個月后，借傀儡朝舟的名義向本愿寺顯如發(fā)了通敕書，滿足了大和尚的愿望。顯如和尚也順?biāo)浦?，立即回信同意接受停?zhàn)，根據(jù)停戰(zhàn)協(xié)議，顯如和尚讓出住持之位并退出石山本愿寺城，9月9日，顯如和尚在諸多繼承人中選擇了嫡子本愿寺教如接任，并攜妻子兒女移居紀(jì)伊國，撤消了織田信長“佛敵”的稱號。