東晉建立之初，在執(zhí)政權(quán)上，皇室與士族之間、南北士族之間、南渡士族之間，矛盾重重，由于王導(dǎo)的斡旋，實現(xiàn)了短暫的“微妙的平衡”，或者是“危險的平衡”。

可隨著東晉政權(quán)相對穩(wěn)定，統(tǒng)治集團內(nèi)部、統(tǒng)治集團預(yù)備通知集團之間的矛盾就越來越大了。

東晉十二帝，享國百余年，元帝、明帝、成帝算是早期，朝廷先后由王導(dǎo)、庾亮執(zhí)政，而在外則先后有王敦、陶侃隱執(zhí)朝政。王導(dǎo)是元輔重臣，庾亮有“元舅之尊”，王敦、陶侃手握兵權(quán)，這四位之間的關(guān)系，錯綜復(fù)雜。再往后，桓、謝之爭，再往后......內(nèi)外交困之下的東晉，波詭云譎。

王與馬共天下，元帝司馬睿登基后，發(fā)現(xiàn)朝中的王氏勢力過大，就開始削弱王氏的勢力。司馬睿也恰如史學(xué)家唐長孺先生所言：“他對自己的地位是很清楚的，但他又不安于自己的地位，總力圖表現(xiàn)自己，使士族感到他的存在?！?/p>

王敦是王導(dǎo)的從兄，是晉武帝司馬炎的女婿，他對東晉政權(quán)的建立作出過重大貢獻。司馬睿初鎮(zhèn)江南時，任命王敦為揚州刺史，后升任大將軍，都督江、揚、荊、湘、交、廣六州諸軍事，江荊二州刺史，坐鎮(zhèn)武昌，勢力越來越大，他居然謀圖篡位。

東晉建立不久，王敦便居功自傲，“專任閫外，手控強兵，群從貴顯，威權(quán)莫貳，遂欲專制朝廷，有問鼎之心"。司馬睿十分畏懼，乃引戴淵、劉隗、刁協(xié)等人為心腹，以制約王敦。永昌元年（322），王敦以討伐劉隗等為名，從武昌率兵東下，很快攻入建康，誅殺戴淵、刁協(xié)，然后退回武昌，遙控朝政。太寧二年（324），晉明帝下詔討伐王敦。王敦再次起兵反叛，不久病死，叛亂結(jié)束。

晉成帝在位時，又發(fā)生蘇峻、祖約的叛亂。蘇峻出身于北方大族，以軍功出任歷陽（治今安徽和縣）內(nèi)史，在平定王敦之亂中立有戰(zhàn)功，因未被任為執(zhí)政而心懷不滿。執(zhí)掌朝政的庾亮為防范蘇峻圖謀不軌，召其為大司農(nóng)，以削奪他的兵權(quán)。

蘇峻遂于咸和二年（327）聯(lián)合豫州刺史祖約，以誅除庾亮為名，共同舉兵反叛，后攻入建康，專擅朝政。

不久，荊州刺史陶侃率軍平定了這場叛亂。此后，東晉統(tǒng)治集團內(nèi)部維持了相當(dāng)一段時間的安定局面。

孝武帝后期及安帝時期，相繼發(fā)生桓溫專權(quán)亂政和桓玄、王恭、殷仲堪的叛亂。

桓溫在東晉穆帝司馬聃時被任命為荊州刺史，他曾率兵入蜀，滅掉割據(jù)多年的成漢政權(quán)，后來又三次北伐，威望日隆，官至大司馬、都督中外諸軍事，并兼任揚州牧，遂"挾震主之威，蓄無君之志"。

太和六年（371），桓溫揮師進抵建康城下，入朝廢黜皇帝司馬奕，另立簡文帝司馬昱，并企盼"禪讓”而稱帝?；笢匚茨苓_到目的，便在孝武帝司馬曜繼位之后，要求朝廷為自己加“九錫”殊禮，但不久因病去世，奪取皇位的愿望沒有實現(xiàn)。

孝武帝在位后期，會稽王司馬道子執(zhí)掌朝政。司馬道子窮奢極欲，并大肆結(jié)黨營私。后來，孝武帝為抑制司馬道子的權(quán)勢，派遣外戚王恭出鎮(zhèn)京口（今江蘇鎮(zhèn)江），掌握北府兵；又任命殷仲堪為荊州刺史，鎮(zhèn)守江陵（今湖北江陵），拱衛(wèi)皇室，結(jié)果引起了一場內(nèi)亂。

孝武帝死后，安帝司馬德宗繼位。司馬道子獨攬軍政大權(quán)，并引用高門士族王國寶參預(yù)朝政。由于“王國寶用事，謀削弱方鎮(zhèn)，內(nèi)外騷動"，桓溫子桓玄便在隆安元年（397）策動荊州刺史殷仲堪和兗州刺史王恭起兵討伐王國寶，后因司馬道子誅殺王國寶而罷兵。

第二年，桓玄與王恭、殷仲堪再度舉兵，結(jié)果王恭被殺，桓玄乘機吞并了殷仲堪等人的部眾，勢力強盛。司馬道子任命桓玄為都督荊江等八州諸軍事、江州刺史。

元興元年（402），桓玄以討伐執(zhí)政的司馬元顯為名，舉兵東下，直入建康，誅殺司馬元顯，控制朝政。次年，桓玄廢黜晉安帝，自立為帝，國號楚。后來，北府兵將領(lǐng)劉裕滅掉桓玄，晉安帝復(fù)位。至此，東晉統(tǒng)治集團的內(nèi)爭暫時平息。